Spanien 1944, skuggorna från inbördeskriget ligger tunga över landet och fascisterna har makten. Ofelia flyttar med sin familj till en stuga på landet där hennes styvfar är utsänd för att slutgiltigt besegra motståndsrörelsen i området. Där ligger också en uråldrig labyrint, som Ofelia börjar utforska. Längst in vaktar en knarrig gammal faun som avslöjar att hon egentligen är en prinsessa som måste utföra tre svåra uppdrag innan hon kan återvända till sitt sagorike. Samtidigt ökar pressen på Ofelia i den vanliga världen där hennes styvfar blir allt grymmare i sina metoder att krossa sina motståndare.