En kropp färdas med floden, insvept i plast, i den lilla staden Deer Meadow, Washington. FBI kopplas in, men mitt i utredningen försvinner ena agenten spårlöst. Han ersätts av den intuitive Special Agent Dale Cooper, som känner på sig att mördaren kommer upprepa sitt brott. Ett år senare, i Twin Peaks, lever Laura Palmer ett självdestruktivt liv till följd av sin barndoms trauman. Så dyker mördaren upp igen.

Twin Peaks: Fire Walk with Me är långfilmen som knot ihop de lösa trådarna efter den kultförklarade tv-serien, genom att berätta händelserna som föregick serien.